Durante los primeros meses del siglo XVII, con la llegada de ese año de 1600, el título histórico de Seii Taishōgun viró de forma radical desde su pasado itinerante hacia una nueva realidad que configuró parte de lo que hoy se venera de Japón. Hace algo más de cuatro siglos se producía la decisiva batalla de Sekigahara, la cual permitió que el poderoso daimyō Tokugawa Ieyasu instaurará el shogunato Tokugawa, el cual pervivió durante dos siglos y medio.

Rehén durante su infancia de Imagawa Yoshimoto, señor que lo formó y con el que configuró su carácter y espíritu de samurái, después Ieyasu sirvió sin fisuras a Oda Nobunaga cuando este derrotó a Yoshimoto. Hizo lo propio con el más fiel general de este, Toyotomi Hideyoshi, cuando Hideyoshi vengó la muerte de su señor a manos de otro general de Nobunaga, Akechi Mitsuhide, quien lo traicionó en el templo Honnō. Pese a su posición de poder y su estatus superior al de Toyotomi, Ieyasu fue leal a Hideyoshi hasta que este murió, momento en el que puso en marcha su idea de unificación de Japón bajo un solo mando, algo que ya había intentado instaurar sin éxito su difunto señor, Nobunaga.

Así, el 21 de octubre de 1600 venció a Ishida Mitsunari en Sekigahara y fue nombrado Shōgun por el emperador (título que el monarca no quiso dar a Toyotomi Hideyoshi por su origen humilde) en 1603. Pero fue en 1615 cuando Ieyasu, en el asedio de Osaka, venció a la coalición del hijo de Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyori, acabando con toda oposición e instaurando su definitivo mando sobre el territorio nipón. Su shogunato, el último que hubo en el país del sol naciente, llamado de Tokugawa (Edo bakufu), duraría hasta le reforma Meiji, en el siglo XIX.

Durante este shogunato Tokugawa, en la llamada era Edo, y bajo el gobierno del nieto de Tokugawa Ieyasu, Tokugawa Iemitsu, se instauró el sakoku, que aisló Japón del exterior (salvo por ciertas concesiones a China y Corea, y una más a la Compañía Neerlandesa de las Indias Orientales) y especialmente del cristianismo, que había penetrado con fuerza en Japón.

Muchas de las leyendas que han quedado vivas de la historia de los samuráis se forjaron durante este período; paradójicamente, cuando los guerreros samuráis se fueron quedando sin guerras.

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